La metafísica de Kundalini es la doctrina ortodoxa secreta de Hatha y Raja yoga, trasmitida a través de los siglos, principalmente de boca en boca y comprobada y confirmada por muchos sabios y adeptos. Pero en muchos aspectos la terminología de la teoría de las vibraciones está más adaptada a la época actual como medio de expresión de los mismos principios.
En el universo, actualmente todo se contempla como un estado continuo de vibración hasta el extremo que podemos decir que la existencia, tal como nosotros la percibimos, es vibración y ésta es existencia.
La materia ya no tiene el significado que acostumbraba tener. Ahora se interpreta en términos de energía diferenciada por diversos grados de vibración. Todo individuo se parece a una cuerda musical en el sentido de que funciona según un número de vibraciones, representada, cada una de ellas, por sus órganos.
Todo pensamiento  y toda emoción son motivadas también, por una vibración en otro nivel. Asimismo, la conciencia puede expresarse en términos vibratorios. Los fenómenos de telepatía y de la transmisión del pensamiento, quedan, de este modo, perfectamente explicados. En este aspecto, la expansión del conocimiento a que se llega con los procesos del yoga queda expresada por la extensión e intensificación de las vibraciones.

Con frecuencia, se ha sugerido que Kundalini es una fuerza eléctrica o es idéntica a la electricidad. Puede serlo, pero hasta que no se sepa con mayor exactitud lo que es la electricidad, será difícil decirlo con absoluta certeza.
Prana también se ha dicho que es electricidad, con sus aspectos negativos y positivos. Se han realizado muchos intentos por parte tanto de los científicos orientales como de los occidentales, para identificar el Prana y el Kundalini como fuerzas naturales reconocidas por Occidente o con órganos específicos o funciones, pero ninguno de estos intentos ha llegado muy lejos.
Kundalini representa, sin duda, más una fuerza que un órgano, aunque su control sea afectado por medio de la manipulación de los órganos físicos.
Tal como se ha dicho anteriormente, Kundalini se representa por el símbolo de una serpiente.
En la historia de Adán y Eva, la serpiente es el espíritu del mal, así aparece con frecuencia en la leyenda popular. A Adán y Eva, que representaban los polos positivos y negativos de la creación, la serpiente les reveló el secreto del bien y del mal, que aparecieron al repartirse el fruto del árbol de la vida.